เนื่องจากโทกูงาวะ อิเอยาซุ สามารถอ้างการสืบเชื้อสายไปถึงตระกูลมินาโมโตะของจักรพรรดิเซวะ หรือ เซวะ เก็นจิ (清和源氏) ได้ จึงเข้าข่ายมีสิทธิ์สามารถดำรงตำแหน่งโชกุนได้ ในค.ศ. 1603 โทกูงาวะ อิเอยาซุ จึงได้รับการแต่งตั้งจากราชสำนักเกียวโต ให้ดำรงตำแหน่งเซอิไทโชกุน (征夷大将軍) เป็นปฐมโชกุนแห่งตระกูลโทกูงาวะ หรือรัฐบาลเอโดะ อันจะปกครองประเทศญี่ปุ่นไปอีกประมาณสองร้อยห้าสิบปี โดยมีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่นครเอโดะหรือโตเกียวในปัจจุบัน

อิเอยาซุได้อ้างอำนาจการปกครองเหนือไดเมียวทั้งหมดที่เหลืออยู่ในญี่ปุ่น โดยให้ไดเมียวเหล่านั้นมากระทำสัตย์สาบาทเป็นข้ารับใช้ของบะกุฟุ โดยอิเอยาซุได้จำแนกไดเมียวออกเป็นสองกลุ่ม ได้แก่ ไดเมียวฟุได (Fudai, 譜代) คือไดเมียวที่เป็นข้ารับใช้เก่าแก่ของตระกูลโทกูงาวะมาแต่สมัยเซ็งโงะกุ หรือตระกูลที่เข้ามาเป็นข้ารับใช้ของตระกูลโทกูงาวะก่อนยุทธการเซกิงาฮาระ และไดเมียวโทซามะ (外様) คือไดเมียวที่ไม่ได้เป็นข้ารับใช้ของตระกูลโทกูงาวะ หรือเข้ามาเป็นข้ารับใช้ของตระกูลโทกูงาวะหลังยุทธการเซกิงาฮาระ โชกุนอิเอยาซุได้มอบดินแดนแคว้นๆต่างๆให้ไดเมียวเหล่านี้ไปปกครอง เรียกว่า ฮัน (藩) โดยโชกุนอิเอยาซุได้มอบฮันในจุดยุทธศาสตร์สำคัญให้ไดเมียวจากตระกูลโทกูงาวะหรือไดเมียวฟุไดไปปกครอง ส่วนไดเมียวโทซามะนั้น ก็คือเจ้าครองแคว้นไดเมียวทั้งหลายในสมัยเซ็งโงะกุ ซึ่งมีอาณาเขตกว้างใหญ่อยู่ก่อนแล้ว

ในช่วงต้นศตวรรษที่สิบเจ็ด ได้มีชาติตะวันตกชาติใหม่มาติดต่อขอทำการค้ากับญี่ปุ่น ได้แก่ฮอลันดาและอังกฤษ ซึ่งมาถึงเมืองนางาซากิในค.ศ. 1600 โดยโชกุนอิเอยาซุได้ให้นายวิลเลียม อดัมส์ (William Adams) ชาวอังกฤษต่อเรือแบบตะวันตกให้แก่ญี่ปุ่นเป็นลำแรกจนสำเร็จในค.ศ. 1604 นับแต่นั้นมาโชกุนอิเอยาซุจึงอนุญาตให้พ่อค้าต่างๆล่องเรือสำเภาแบบตะวันตกไปค้าขายยังอาณาจักรต่างๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เรียกว่า เรือตราแดง (朱印船) โชกุนอิเอยาซุดำเนินนโยบายเป็นมิตรกับฮอลันดาและอังกฤษ ในขณะเดียวกันก็พยายามที่จะขับไล่มิชชันนารีชาวโปรตุเกสและสเปนอันเป็นคู่แข่งการค้าของฮอลันดา ขับไล่และปราบปรามชาวคาทอลิก